Moleküler Biyoloji ve Genetik (İngilizce) Önizleme
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Genel Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu:

MBG302

Ders İsmi:

Biyoinformatik ve Biyoistatistik

Ders Yarıyılı:

Bahar

Ders Kredileri:

AKTS

Öğretim Dili:

İngilizce

Ders Koşulu:

Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?:

Hayır

Dersin Türü:

Zorunlu

Dersin Seviyesi:

Lisans

TYYÇ:6. Düzey

QF-EHEA:1. Düzey

EQF-LLL:6. Düzey

Dersin Veriliş Şekli:

Yüz yüze

Dersin Koordinatörü:

Prof. Dr. ELİF AYLİN ÖZÜDOĞRU

Dersi Veren(ler):

Dersin Yardımcıları:

Dersin Amaç ve İçeriği

Dersin Amacı:

Bu dersin amacı, biyoinformatik algoritmaların arka plan bilgilerini, bunların makul uygulamalarını ve biyoinformatik çıktıların yorumlanmasını bilmek olarak özetlenebilir. Bu dersin ikinci bölümünde, öğrencilerin deneylerden elde ettikleri çıktıların önem düzeylerini ayırt etmek için biyoistatistik uygulamasının temellerini öğretmeyi amaçlıyoruz. Ayrıca, sonuçların daha fazla açıklanması için matlab araçlarını kullanma konusunda onları alıştırmayı amaçlıyoruz.

Dersin İçeriği:

Bu dersin içeriği temel moleküler biyoloji ve genetik tekniklerini hesaplamalı yöntemlerle öğretmektir. Burada öğrencilerin var olan algoritmalar aracılığıyla biyoenformatik araçların geliştirilmesi konusunda altyapı kazanmaları beklenmektedir. Ayrıca, ıslak laboratuvar sonuçlarını doğrulamak için hesaplama araçlarının kullanımıyla birlikte biyoenformatik araçlardan gelen sonuçlarla deneylerin sonuçlarını birleştirmek önemlidir. Dersin ikinci bölümünde, deneysel tasarım, doğrulama ve değerlendirme yaklaşımlarını daha iyi anlamak için biyoistatistiğin temeli verilecektir. Bilgisayar araçlarıyla istatistiksel analiz yapmak için Matlab'ın temelleri tanıtılacaktır.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) RNA ve DNA dizi analizinde kullanılan algoritmanın temellerini anlamak
2) Biyoinformatikte Pam, blast ve DNA haritalama yaklaşımlarının temellerini iyi bilir
3) Biyoenformatiğin temel fonksiyonlarını kullanabilme
4) Biyoinformatik araçları kullanarak evrimsel yolların nasıl izlenebileceğini bilmek
5) Biyostatikte hangi testin hangi amaçla kullanıldığı hakkında fikir sahibi olmak

Ders Akış Planı

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	MBG'ye giriş ve temel kavramlar
2)	Sekanslama algoritmaları: Global, yarı global ve lokal hizalama
3)	Çoklu sekanslama algoritmaları
4)	Veritabanı uygulamaları 1: PAM, BLOSSSUM ve FASTA
5)	Veritabanı uygulamaları 2: PAM, BLOSSSUM ve FASTA
6)	DNA'nın fiziksel haritalaması
7)	Biyoistatistiğe giriş ve Temel tanımlar
8)	Vize haftası
9)	Hipotez testi 1
10)	Hipotez testi 2
11)	Tanımlayıcı istatistik
12)	Ölçülebilir değişken için testler
13)	Biyoistatistik moleküler biyoloji ve genetiğe nasıl uygulanır: Vaka çalışmaları 1
14)	Biyoistatistik moleküler biyoloji ve genetiğe nasıl uygulanır: Vaka çalışmaları 2
15)	Final Haftası

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Cancer Bioinformatics, Springer (Ying Xu , Juan Cui , David Puett); Applied Bioinformatics: An introduction, Springer (Paul M. Selzer , Richard J. Marhöfer , Oliver Koch)
Diğer Kaynaklar:	Literatürde yer alan seçili yayınlar

Ders - Program Öğrenme Kazanım İlişkisi

Ders Öğrenme Kazanımları	1	2	3	4	5
Program Kazanımları
1) Moleküler biyoloji ve genetik alanına temel bilgi birikimini oluşturan biyoloji, kimya, fizik, matematik konularında teorik ve pratik alt yapıya sahiptir.
2) Biyolojik olgu ve olayları moleküler düzeyde açıklayabilir ve bunların diğer temel bilimler ve mühendislik uygulamaları ile ilişkisini kurabilir.
3) Alanın gerektirdiği temel laboratuvar bilgi ve becerisine sahiptir.
4) Bilimsel prensiplere ve etik kurallara uygun çalışır.
5) Biyolojik verilerin analizleri ve temel değerlendirmelerinde gerekli olan işlemsel ve matematiksel yazılım programlarını en az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı Temel Düzeyinde kullanır.
6) Alanıyla ilgili literatürü ve güncel yöntemleri takip etme bilgisi, kültürü ve becerisine sahiptir.
7) Sağlık, tarım, hayvancılık, çevre, endüstri ve benzeri konulardaki ihtiyaçlar doğrultusunda temel problemi belirleyerek ve güncel teknolojiyi kullanarak gerekli çözümleri sunabilir.
8) Sistemler düzeyindeki biyolojik olgu ve olayları evrimsel bakış açısıyla değerlendirebilme bilgi ve becerisine sahiptir.
9) Bireysel ve grup çalışmalarına dahil olabilme, belirli konularda proje hazırlayabilme ve yürütebilme, yazılı ve sözlü sunum becerisine sahiptir.
10) En az bir yabancı dili, Avrupa Dil Portföyü kriteri açısından en az B1 Genel Düzeyinde okuma, yazma ve konuşma alanlarında kullanır.
11) Toplumsal ve küresel sorunları kendi alan bilgisini kullanarak saptayabilme ve disiplinler arası iş birliği içinde çözümün bir parçası olabilme becerisine sahiptir.
12) Bilimsel ve mesleki etkinliklerinde sosyal, kültürel ve bireysel farklılıklara, evrensel değerlere ve insan haklarına saygılıdır.

Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Orta	3 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Moleküler biyoloji ve genetik alanına temel bilgi birikimini oluşturan biyoloji, kimya, fizik, matematik konularında teorik ve pratik alt yapıya sahiptir.	2
2)	Biyolojik olgu ve olayları moleküler düzeyde açıklayabilir ve bunların diğer temel bilimler ve mühendislik uygulamaları ile ilişkisini kurabilir.
3)	Alanın gerektirdiği temel laboratuvar bilgi ve becerisine sahiptir.
4)	Bilimsel prensiplere ve etik kurallara uygun çalışır.
5)	Biyolojik verilerin analizleri ve temel değerlendirmelerinde gerekli olan işlemsel ve matematiksel yazılım programlarını en az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı Temel Düzeyinde kullanır.	3
6)	Alanıyla ilgili literatürü ve güncel yöntemleri takip etme bilgisi, kültürü ve becerisine sahiptir.
7)	Sağlık, tarım, hayvancılık, çevre, endüstri ve benzeri konulardaki ihtiyaçlar doğrultusunda temel problemi belirleyerek ve güncel teknolojiyi kullanarak gerekli çözümleri sunabilir.
8)	Sistemler düzeyindeki biyolojik olgu ve olayları evrimsel bakış açısıyla değerlendirebilme bilgi ve becerisine sahiptir.	3
9)	Bireysel ve grup çalışmalarına dahil olabilme, belirli konularda proje hazırlayabilme ve yürütebilme, yazılı ve sözlü sunum becerisine sahiptir.
10)	En az bir yabancı dili, Avrupa Dil Portföyü kriteri açısından en az B1 Genel Düzeyinde okuma, yazma ve konuşma alanlarında kullanır.
11)	Toplumsal ve küresel sorunları kendi alan bilgisini kullanarak saptayabilme ve disiplinler arası iş birliği içinde çözümün bir parçası olabilme becerisine sahiptir.
12)	Bilimsel ve mesleki etkinliklerinde sosyal, kültürel ve bireysel farklılıklara, evrensel değerlere ve insan haklarına saygılıdır.

Ölçme ve Değerlendirme

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ara Sınavlar	1	% 40
Final	1	% 60
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 40
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 60
Toplam		% 100

İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Aktiviteye Hazırlık	Aktivitede Harçanan Süre	Aktivite Gereksinimi İçin Süre	İş Yükü
Ders Saati	13	0	3		39
Laboratuvar	13	0	2		26
Sınıf Dışı Ders Çalışması	13	0	3		39
Küçük Sınavlar	5	0	1		5
Ara Sınavlar	1	0	10		10
Final	1	0	20		20
Toplam İş Yükü					139