Bilgisayar Mühendisliği (YL) (Tezli) (İngilizce) | |||||
Yüksek Lisans | TYYÇ: 7. Düzey | QF-EHEA: 2. Düzey | EQF-LLL: 7. Düzey |
Ders Kodu: | AO5017 | ||||
Ders İsmi: | Hesaplamalı Biyoloji | ||||
Ders Yarıyılı: |
Güz Bahar |
||||
Ders Kredileri: |
|
||||
Öğretim Dili: | English | ||||
Ders Koşulu: | |||||
Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||
Dersin Türü: | Bölüm/Program Seçmeli | ||||
Dersin Seviyesi: |
|
||||
Dersin Veriliş Şekli: | E-Öğrenme | ||||
Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üy. SELİM KALAYCI | ||||
Dersi Veren(ler): | Selim Kalayci | ||||
Dersin Yardımcıları: |
Dersin Amacı: | Dersin amacı hesaplamalı biyoloji ile ilgili teknik bilgi ve araçlara genel bir bakış sağlamaktır. Ders, hesaplamalı biyolojide kullanılan veri setlerinin oluşturulması, işlenmesi ve yorumlanması için temel oluşturacaktır. |
Dersin İçeriği: | Ders, genetik ve genomiğin temel kavramlarını, yeni nesil dizileme teknolojilerini, DNA dizilimini, RNA dizilimini, temel biyoloji/biyoinformatik veri tabanlarını ve veri kümelerini, biyolojik verilerin işlenmesi için gerekli temel biyoinformatik araçlarını, biyolojik ağları ve biyolojik ağların oluşturulması ve işlenmesini içermektedir. |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) 1.Temel genetik ve genomik kavramlarını tanımlayabilecektir; 2) 2. DNA dizileme ve işleme adımlarını ve kullanılan hesaplama araçlarını tanır; 3) 3. RNA dizileme ve işleme adımlarını ve kullanılan hesaplama araçlarını tanır; 4) 4. Protein tanımlama ve işleme için gerekli veri kümelerini tanır ve kullanır; 5) 5. Biyolojik ağ oluşturma süreçlerini tanımlayabilecek ve bu ağların işlenmesi için gerekli araçları kullanabilecektir. |
Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
1) | Hesaplamalı biyoloji kavramlarına giriş, DNA, genetik, genomik | |
2) | İnsan genom projesi, omics teknolojileri | |
3) | DNA dizilimi ve veri analizi | |
4) | Dizi hizalaması, gen varyantları ve varyantların işlenmesi | |
5) | Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları ve ilgili veritabanları | |
6) | RNA dizilimi ve veri analizi | |
7) | Ara sınav | |
8) | Diferansiyel ifade gen analizi ve ilgili veritabanları | |
9) | Proteinler ve ilgili veritabanları | |
10) | Biyolojik ağlar | |
11) | Biyolojik ağ türleri ve analizleri | |
12) | Makine öğrenimi ve hesaplamalı biyoloji | |
13) | Öğrenci makale sunumları | |
14) | Öğrenci makale sunumları | |
15) | Final sınavı |
Ders Notları / Kitaplar: | Selected Papers |
Diğer Kaynaklar: | Selected Papers |
Course Learning Outcomes | 1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
|||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Program Kazanımları | ||||||||||||
1) Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme. | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | |||||||
2) Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme. | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | |||||||
3) Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlayabilme ve yeni bilgiler oluşturabilme, | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||
4) Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme. | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||
5) Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme. | ||||||||||||
6) Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme. | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||
7) Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme. | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | |||||||
8) Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme. | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||
9) Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyi'nde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme. | ||||||||||||
10) Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanabilme. | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||
11) Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetleyebilme ve bu değerleri öğretebilme. | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||
12) Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme. | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Orta | 3 En Yüksek |
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
1) | Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme. | 2 |
2) | Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme. | 2 |
3) | Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlayabilme ve yeni bilgiler oluşturabilme, | 3 |
4) | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme. | 1 |
5) | Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme. | |
6) | Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme. | 1 |
7) | Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme. | 2 |
8) | Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme. | 3 |
9) | Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyi'nde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme. | |
10) | Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanabilme. | 3 |
11) | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetleyebilme ve bu değerleri öğretebilme. | 1 |
12) | Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme. | 3 |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
Küçük Sınavlar | 3 | % 15 |
Sunum | 1 | % 20 |
Ara Sınavlar | 1 | % 25 |
Final Pratik | 2 | % 40 |
Toplam | % 100 | |
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 100 | |
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % | |
Toplam | % 100 |
Aktiviteler | Aktivite Sayısı | İş Yükü |
Ders Saati | 14 | 42 |
Proje | 14 | 42 |
Ara Sınavlar | 16 | 25 |
Final | 14 | 41 |
Toplam İş Yükü | 150 |