Bilgisayar Mühendisliği (YL) (Tezli) (İngilizce) Önizleme
Yüksek Lisans	TYYÇ: 7. Düzey	QF-EHEA: 2. Düzey	EQF-LLL: 7. Düzey

Ders Genel Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu:

AO5017

Ders İsmi:

Hesaplamalı Biyoloji

Ders Yarıyılı:

Güz
Bahar

Ders Kredileri:

AKTS

Öğretim Dili:

İngilizce

Ders Koşulu:

Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?:

Hayır

Dersin Türü:

Bölüm/Program Seçmeli

Dersin Seviyesi:

Yüksek Lisans

TYYÇ:7. Düzey

QF-EHEA:2. Düzey

EQF-LLL:7. Düzey

Dersin Veriliş Şekli:

E-Öğrenme

Dersin Koordinatörü:

Dr. Öğr. Üy. SELİM KALAYCI

Dersi Veren(ler):

Selim Kalayci

Dersin Yardımcıları:

Dersin Amaç ve İçeriği

Dersin Amacı:	Dersin amacı hesaplamalı biyoloji ile ilgili teknik bilgi ve araçlara genel bir bakış sağlamaktır. Ders, hesaplamalı biyolojide kullanılan veri setlerinin oluşturulması, işlenmesi ve yorumlanması için temel oluşturacaktır.
Dersin İçeriği:	Ders, genetik ve genomiğin temel kavramlarını, yeni nesil dizileme teknolojilerini, DNA dizilimini, RNA dizilimini, temel biyoloji/biyoinformatik veri tabanlarını ve veri kümelerini, biyolojik verilerin işlenmesi için gerekli temel biyoinformatik araçlarını, biyolojik ağları ve biyolojik ağların oluşturulması ve işlenmesini içermektedir.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) 1.Temel genetik ve genomik kavramlarını tanımlayabilecektir;
2) 2. DNA dizileme ve işleme adımlarını ve kullanılan hesaplama araçlarını tanır;
3) 3. RNA dizileme ve işleme adımlarını ve kullanılan hesaplama araçlarını tanır;
4) 4. Protein tanımlama ve işleme için gerekli veri kümelerini tanır ve kullanır;
5) 5. Biyolojik ağ oluşturma süreçlerini tanımlayabilecek ve bu ağların işlenmesi için gerekli araçları kullanabilecektir.

Ders Akış Planı

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Hesaplamalı biyoloji kavramlarına giriş, DNA, genetik, genomik
2)	İnsan genom projesi, omics teknolojileri
3)	DNA dizilimi ve veri analizi
4)	Dizi hizalaması, gen varyantları ve varyantların işlenmesi
5)	Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları ve ilgili veritabanları
6)	RNA dizilimi ve veri analizi
7)	Ara sınav
8)	Diferansiyel ifade gen analizi ve ilgili veritabanları
9)	Proteinler ve ilgili veritabanları
10)	Biyolojik ağlar
11)	Biyolojik ağ türleri ve analizleri
12)	Makine öğrenimi ve hesaplamalı biyoloji
13)	Öğrenci makale sunumları
14)	Öğrenci makale sunumları
15)	Final sınavı

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Selected Papers
Diğer Kaynaklar:	Selected Papers

Ders - Program Öğrenme Kazanım İlişkisi

Course Learning Outcomes	1	2	3	4	5
Program Kazanımları
1) Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme.	2	2	2	2	2
2) Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme.	2	2	2	2	2
3) Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlayabilme ve yeni bilgiler oluşturabilme,	3	3	3	3	3
4) Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme.	1	1	1	1	1
5) Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme.
6) Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme.	1	1	1	1	1
7) Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme.	2	2	2	2	2
8) Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme.	3	3	3	3	3
9) Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyi'nde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme.
10) Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanabilme.	3	3	3	3	3
11) Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetleyebilme ve bu değerleri öğretebilme.	1	1	1	1	1
12) Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme.	3	3	3	3	3

Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Orta	3 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme.	2
2)	Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanabilme.	2
3)	Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlayabilme ve yeni bilgiler oluşturabilme,	3
4)	Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme.	1
5)	Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilme.
6)	Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme.	1
7)	Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve öğrenmesini yönlendirebilme.	2
8)	Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme.	3
9)	Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü B2 Genel Düzeyi'nde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurabilme.
10)	Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanabilme.	3
11)	Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetleyebilme ve bu değerleri öğretebilme.	1
12)	Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme.	3

Ölçme ve Değerlendirme

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Küçük Sınavlar	3	% 15
Sunum	1	% 20
Ara Sınavlar	1	% 25
Final Pratik	2	% 40
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 100
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		%
Toplam		% 100

İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	İş Yükü
Ders Saati	14	42
Proje	14	42
Ara Sınavlar	16	25
Final	14	41
Toplam İş Yükü		150