İSTİNYE ÜNİVERSİTESİ BİLGİ PAKETİ / DERS KATALOĞU
| Kök Hücre ve Doku Mühendisliği (DR) | |||||
| Doktora | TYYÇ: 8. Düzey | QF-EHEA: 3. Düzey | EQF-LLL: 8. Düzey | ||
Ders Genel Tanıtım Bilgileri
| Ders Kodu: | KHDD6103 | ||||
| Ders İsmi: | Biyoinformatik | ||||
| Ders Yarıyılı: | Bahar | ||||
| Ders Kredileri: |
|
||||
| Öğretim Dili: | Türkçe | ||||
| Ders Koşulu: | |||||
| Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||
| Dersin Türü: | Bölüm/Program Seçmeli | ||||
| Dersin Seviyesi: |
|
||||
| Dersin Veriliş Şekli: | E-Öğrenme | ||||
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üy. ASLI KUTLU | ||||
| Dersi Veren(ler): | ASLI KUTLU | ||||
| Dersin Yardımcıları: |
Dersin Amaç ve İçeriği
| Dersin Amacı: | Her öğrenci için bu dersin amacı; kanser ve kök hücre araştırmalarında kullanılabilecek temel biyoinformatik algoritmalarını, araçlarını, ve modellerini tanıtmak. Matematiksel modeller ve biyoinformatik algoritmaların arka planındaki varsayımları ve iş akışını aktarmak. Deneysel çalışmalar öncesi veya deneysel verilerin yorumlanma aşamasında biyoinformatik araçlarını kullanarak daha etkin ve çoklu bakış açısı ile farklı sonuçlar ortaya koyabilen araştırmacılar yetiştirmek. |
| Dersin İçeriği: | Bu dersin içeriği; Kanser ve kök hücre araştırmalarında büyük verinin rolü Kök hücre ve doku mühendisliği araştırmaların matematiksel modeller oluşturulması Kök hücre araştırmalarında kullanılan biyoinformatik araçların temelindeki algoritmalar Kök hücre araştırmalarında sinyal yolaklarının ve matematiksel modellerin rolü, |
Öğrenme Kazanımları
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) Kanserde ‘büyük veri’ kavramını iyi bilir, ve bu kavramı etkin bir şekilde kullanır 2) Kök hücre ve doku mühendisliği araştırmalarında kullanılan matematiksel modellerin ve varsayımların kapsamına hakimdir 3) Çevrim içi biyoinformatik araçlarının arkasındaki algoritmaların ve kullanılan parametrelerin hangi kapsamda değerlendirileceğine hakim olunması 4) Hedefe yönelik ilaç tasarımı ve etkileşim ağı analizlerine yönelik biyoinformatik yöntemler bütününe hakim olunması 5) Yeni nesil dizileme sonuçlarının analiz edilmesi ve hastalık-fenotip ilişkisinin etkin bir şekilde kavranması |
Ders Akış Planı
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Biyoinformatiğe giriş & MBG temel konseptler | ppt |
| 2) | Kök hücre ve Kanser özelinde büyük veri | ppt |
| 3) | NCBI veri bankasına giriş | ppt |
| 4) | Sekans Hizalama algoritmaları | ppt |
| 5) | Sekans Hizalama algoritmaları | ppt |
| 6) | Çoklu hizalama algoritmaları | ppt |
| 7) | Yolak analizleri | ppt |
| 8) | Ara sınav tekrarı | ppt |
| 9) | Yolak analizleri 2 | ppt |
| 10) | Epigenetik | ppt |
| 11) | Matematiksel modelleme ağları | ppt |
| 12) | Matematiksel modelleme ağları 2 | ppt |
| 13) | Tekrar dersi 1 | ppt |
| 14) | Tekrar dersi 2 | ppt |
Kaynaklar
| Ders Notları / Kitaplar: | Stem Cell Genetics for Biomedical Research Past, Present, and Future Raul Delgado-Morales |
| Diğer Kaynaklar: | Stem Cell Genetics for Biomedical Research Past, Present, and Future Raul Delgado-Morales |
Ders - Program Öğrenme Kazanım İlişkisi
| Course Learning Outcomes | 1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Program Kazanımları | ||||||||||||||||
| 1) Yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme, derinleştirebilme ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşabilme. | ||||||||||||||||
| 2) Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilme; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşabilme. | ||||||||||||||||
| 3) Alanındaki yeni bilgileri sistematik bir yaklaşımla değerlendirebilme ve kullanabilme. | ||||||||||||||||
| 4) Alanına yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirebilme ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygulayabilme, özgün bir konuyu araştırabilme, kavrayabilme, tasarlayabilme, uyarlayabilme ve uygulayabilme. | ||||||||||||||||
| 5) Yeni ve karmaşık düşüncelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapabilme. | ||||||||||||||||
| 6) Alanı ile ilgili çalışmalarda araştırma yöntemlerini kullanabilmede üst düzey beceriler kazanmış olma. | ||||||||||||||||
| 7) Alanına yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştiren ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygulayan özgün bir çalışmayı bağımsız olarak gerçekleştirerek alanındaki ilerlemeye katkıda bulanabilme. | ||||||||||||||||
| 8) Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletebilme. | ||||||||||||||||
| 9) Özgün ve disiplinlerarası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme. | ||||||||||||||||
| 10) Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirebilme. | ||||||||||||||||
| 11) Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla inceleyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmeye yönelik eylemleri yönetebilme. | ||||||||||||||||
| 12) Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunabilme ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurabilme. | ||||||||||||||||
| 13) Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyi'nde kullanarak ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurabilme ve tartışabilme. | ||||||||||||||||
| 14) Alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunabilme. | ||||||||||||||||
| 15) Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurabilme. | ||||||||||||||||
| 16) Alanı ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunabilme ve bu değerlerin gelişimini destekleyebilme | ||||||||||||||||
Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Orta | 3 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme, derinleştirebilme ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşabilme. | 2 |
| 2) | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilme; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşabilme. | 2 |
| 3) | Alanındaki yeni bilgileri sistematik bir yaklaşımla değerlendirebilme ve kullanabilme. | 2 |
| 4) | Alanına yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirebilme ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygulayabilme, özgün bir konuyu araştırabilme, kavrayabilme, tasarlayabilme, uyarlayabilme ve uygulayabilme. | 2 |
| 5) | Yeni ve karmaşık düşüncelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapabilme. | 2 |
| 6) | Alanı ile ilgili çalışmalarda araştırma yöntemlerini kullanabilmede üst düzey beceriler kazanmış olma. | 3 |
| 7) | Alanına yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştiren ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygulayan özgün bir çalışmayı bağımsız olarak gerçekleştirerek alanındaki ilerlemeye katkıda bulanabilme. | 3 |
| 8) | Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletebilme. | 3 |
| 9) | Özgün ve disiplinlerarası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme. | 3 |
| 10) | Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirebilme. | 3 |
| 11) | Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla inceleyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmeye yönelik eylemleri yönetebilme. | 2 |
| 12) | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunabilme ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurabilme. | 2 |
| 13) | Bir yabancı dili en az Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyi'nde kullanarak ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurabilme ve tartışabilme. | 2 |
| 14) | Alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunabilme. | 3 |
| 15) | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurabilme. | 2 |
| 16) | Alanı ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunabilme ve bu değerlerin gelişimini destekleyebilme | 2 |
Ölçme ve Değerlendirme
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ara Sınavlar | 1 | % 40 |
| Final | 1 | % 60 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
| Toplam | % 100 | |
İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Aktiviteye Hazırlık | Aktivitede Harçanan Süre | Aktivite Gereksinimi İçin Süre | İş Yükü | ||
| Ders Saati | 14 | 2 | 3 | 2 | 98 | ||
| Sunum / Seminer | 2 | 2 | 2 | 8 | |||
| Ödevler | 2 | 2 | 2 | 8 | |||
| Ara Sınavlar | 1 | 12 | 12 | 24 | |||
| Final | 1 | 20 | 12 | 32 | |||
| Toplam İş Yükü | 170 | ||||||