| Moleküler Onkoloji (DR) | |||||
| Doktora | TYYÇ: 8. Düzey | QF-EHEA: 3. Düzey | EQF-LLL: 8. Düzey | ||
| Ders Kodu: | MONK6005 | ||||
| Ders İsmi: | Moleküler Onkolojide Omiks Teknolojiler | ||||
| Ders Yarıyılı: | Güz | ||||
| Ders Kredileri: |
|
||||
| Öğretim Dili: | Türkçe | ||||
| Ders Koşulu: | |||||
| Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||
| Dersin Türü: | Bölüm/Program Seçmeli | ||||
| Dersin Seviyesi: |
|
||||
| Dersin Veriliş Şekli: | E-Öğrenme | ||||
| Dersin Koordinatörü: | Doç. Dr. HURİ DEDEAKAYOĞULLARI | ||||
| Dersi Veren(ler): | Huri Bulut, Caner Geyik, Öykü Gönül Geyik, Murat Ekremoğlu, Yelda Birinci Kudu | ||||
| Dersin Yardımcıları: |
| Dersin Amacı: | Bu ders kapsamında lisans üstü öğrencilere; OMİKS teknolojiler kullanılarak biyolojik etkilerin ve biyobelirteçlerin araştırılması konusunda teorik deneyim kazandırmak amaçlanmaktadır. |
| Dersin İçeriği: | Genom, Transkriptom, Proteom, Metabolom, Metagenom ve Biyomarker Kavramları ve OMİKS Teknolojiler Kullanılarak yapısal ve fonksiyonel araştırmalar. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) Bu derste öğrenciler, omiks teknolojisinin tarihsel sürecini ve çeşitlerini, genomiks, fonksiyonel genomiks ve proteomiks temellerini, kullanım alanlarını ve güncel uygulamalarını bilir. 2) Öğrenci; morfolojik özellikler temelinde kanserdeki genomik değişiklikleri tahmin etmek için kullanılan derin öğrenme hakkında fikir sahibi olur, Kanser tanı ve tedavisinde kullanılan yöntemler bütünü içerisinde proteomiks yaklaşımlarının öneminin kavrar, RNA modifikasyonlarını tespit etmek için kullanılan yöntemleri açıklar, Protein komplekslerinin izolasyonu hakkında bilgi sahibi olur, Glikanların ve glikozile proteinlerin kanserdeki rolünü ve önemini tartışabilir, Kanserde değişen lipit metabolizmasına bağlı değişimleri açıklar, Lipit metabolitlerinin belirlenmesinde kullanılan yöntemleri tanır, Genomik teknolojiler konusunda yöntem prensiplerini ve güncel gelişmeleri tartışabilir, Metabolomiks teknolojiler konusunda yöntem prensiplerini ve güncel gelişmeleri tartışabilir, Fiziksel ve kimyasal olarak farklılıklar gösteren metabolitlerin farkli kromatografik yöntemler ile analizlerini öğrenir. |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Kanser patolojisinde derin öğrenme: yeni nesil klinik biyobelirteçler | Computational solutions for omics data. Nat Rev Genet. 2013 May;14(5):333-46. doi: 10.1038/nrg3433. Data Analysis for life sciences with R. Rafael Irizarry and Michael Love. (https://leanpub.com/dataanalysisforthelifesciences) |
| 2) | Tanı ve tedavi yaklaşımlarında proteomiks | Computational solutions for omics data. Nat Rev Genet. 2013 May;14(5):333-46. doi: 10.1038/nrg3433. |
| 3) | BN-PAGE yöntemi ve uygulamaları | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 4) | Genomik teknolojiler | Sequencing technologies: the next generation. Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46. doi: 10.1038/nrg2626. Epub 2009 Dec 8. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet. 2016 May 17;17(6):333-51. |
| 5) | Epitranskriptomik analizler ve kanser | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 6) | ÖĞRENCİ SUNUMLARI | |
| 7) | Sınav | |
| 8) | Kanserde Lipidomik Analizler | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 9) | Metabolomiks teknolojiler | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 10) | Metabolomikste kromatografik teknikler | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 11) | Kanserde glikoproteomik teknolojiler | Omics Technologies and Bio-engineering,Volume 1: Towards Improving Quality of Life, 1st Edition - December 1, 2017 Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo |
| 12) | Omiks teknolojilerde güncel yaklaşımlar (makale analizi) | Güncel araştırma makaleleri |
| 13) | Öğrenci sunumları | |
| 14) | Final sınavı |
| Ders Notları / Kitaplar: | Omics Technologies and Bio-engineering, Editors: Debmalya Barh, Vasco Azevedo, 1st Edition - December 1, 2017 |
| Diğer Kaynaklar: | o Sequencing technologies: the next generation. Nat Rev Genet. 2010 Jan;11(1):31-46. doi: 10.1038/nrg2626. Epub 2009 Dec 8. o Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet. 2016 May 17;17(6):333-51. doi: 10.1038/nrg.2016.49. o Bioinformatics: next-generation omics. Nat Rev Genet. 2012 May 2;13(6):378. doi: 10.1038/nrg3250. o Computational solutions for omics data. Nat Rev Genet. 2013 May;14(5):333-46. doi: 10.1038/nrg3433. o Data Analysis for life sciences with R. Rafael Irizarry and Michael Love. (https://leanpub.com/dataanalysisforthelifesciences) o Reference standards for next-generation sequencing. Nat Rev Genet. 2017; 18(8): 473-484. doi: 10.1038/nrg.2017.44. Epub 2017 Jun 19. o A survey of best practices for RNA-seq data analysis Genome Biol. 2016; 17: 13. doi: 10.1186/s13059-016-0881-8. o Genomic Data Science Specialization in Coursera https://www.coursera.org/specializations/genomic-data-science |
| Course Learning Outcomes | 1 |
2 |
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Program Kazanımları | ||||||||||
| 1) Kanser ve moleküler kanserin güncel ve ileri düzeydeki bilgilerini tanımlayabilme, değerlendirebilme ve kullanabilme | ||||||||||
| 2) Moleküler kanser alanındaki bilimsel ve teknolojik bir konuyu sistematik bir yaklaşımla araştırabilme, kavrayabilme ve analiz edebilme | ||||||||||
| 3) Kanserin moleküler mekanizmaları hakkında yeni ve karmaşık fikirleri, özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme, tasarlayabilme, uyarlayabilme ve uygulayabilme | ||||||||||
| 4) Moleküler kanser alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilme, yeni bir düşünce ya da bilinen bir düşünce ile yeni bir yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirebilme | ||||||||||
| 5) Kansere karşı geliştirilen tedavi yaklaşımlarına ait bilgileri sentezleyebilme, analiz edebilme, yorumlayabilme, sorgulayabilme ve eleştirebilme becerisi kazanma | ||||||||||
| 6) Çalışmalarında sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey becerileri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirebilme | ||||||||||
| 7) Çalışmalarında iyi iletişim becerine sahip olma ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla inceleyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmeye yönelik eylemleri yönetebilme | ||||||||||
| 8) Araştırmalarında etik sorumluluk bilincine sahip olmak ve bulgularını ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurarak savunabilme | ||||||||||
| 9) Moleküler kanser alanında karşılaşılan toplumsal, bilimsel, bilişimsel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunabilme ve bu değerlerin gelişimini destekleyebilme | ||||||||||
| 10) Araştırma ve çalışma sonuçlarını yorumlayabilmek ve ortaya özgün bir yapıt çıkararak alanındaki bilginin sınırlarını genişletebilme | ||||||||||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Orta | 3 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Kanser ve moleküler kanserin güncel ve ileri düzeydeki bilgilerini tanımlayabilme, değerlendirebilme ve kullanabilme | 2 |
| 2) | Moleküler kanser alanındaki bilimsel ve teknolojik bir konuyu sistematik bir yaklaşımla araştırabilme, kavrayabilme ve analiz edebilme | 3 |
| 3) | Kanserin moleküler mekanizmaları hakkında yeni ve karmaşık fikirleri, özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme, tasarlayabilme, uyarlayabilme ve uygulayabilme | 3 |
| 4) | Moleküler kanser alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrayabilme, yeni bir düşünce ya da bilinen bir düşünce ile yeni bir yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirebilme | 3 |
| 5) | Kansere karşı geliştirilen tedavi yaklaşımlarına ait bilgileri sentezleyebilme, analiz edebilme, yorumlayabilme, sorgulayabilme ve eleştirebilme becerisi kazanma | 2 |
| 6) | Çalışmalarında sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey becerileri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirebilme | 2 |
| 7) | Çalışmalarında iyi iletişim becerine sahip olma ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla inceleyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmeye yönelik eylemleri yönetebilme | 2 |
| 8) | Araştırmalarında etik sorumluluk bilincine sahip olmak ve bulgularını ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurarak savunabilme | 2 |
| 9) | Moleküler kanser alanında karşılaşılan toplumsal, bilimsel, bilişimsel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunabilme ve bu değerlerin gelişimini destekleyebilme | 3 |
| 10) | Araştırma ve çalışma sonuçlarını yorumlayabilmek ve ortaya özgün bir yapıt çıkararak alanındaki bilginin sınırlarını genişletebilme | 2 |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ödev | 1 | % 40 |
| Seminer | 1 | % 60 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 100 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Aktiviteye Hazırlık | Aktivitede Harçanan Süre | Aktivite Gereksinimi İçin Süre | İş Yükü | ||
| Ders Saati | 2 | 2 | 2 | 20 | 48 | ||
| Sunum / Seminer | 2 | 4 | 2 | 12 | |||
| Ara Sınavlar | 1 | 5 | 5 | 15 | 25 | ||
| Final | 2 | 10 | 10 | 40 | |||
| Toplam İş Yükü | 125 | ||||||