| Kanser Biyolojisi ve Farmakolojisi (YL) (Tezli) | |||||
| Yüksek Lisans | TYYÇ: 7. Düzey | QF-EHEA: 2. Düzey | EQF-LLL: 7. Düzey | ||
| Ders Kodu: | KBY5011 | ||||
| Ders İsmi: | Kanser Biyoinformatiği | ||||
| Ders Yarıyılı: | Bahar | ||||
| Ders Kredileri: |
|
||||
| Öğretim Dili: | Türkçe | ||||
| Ders Koşulu: | |||||
| Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||
| Dersin Türü: | Bölüm/Program Seçmeli | ||||
| Dersin Seviyesi: |
|
||||
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze | ||||
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üy. ASLI KUTLU | ||||
| Dersi Veren(ler): | ASLI KUTLU | ||||
| Dersin Yardımcıları: |
| Dersin Amacı: | Her öğrenci için bu dersin amacı; kanser araştırma ve geliştirme projelerinde bilgisayar tabanlı biyoinformatik araçlarını etkili bir şekilde kullanarak, matematiksel modellere uygun analizler yapmak ve elde edilen analiz sonuçlarına göre hedefe yönelik istatistiksel model geliştirebilmeyi öğrenmek. |
| Dersin İçeriği: | Bu dersin içeriği kanser araştırma ve hedeflenmiş ilaç tasarımı yaklaşımları sırasında biyoinformatik araçlarının etkili bir şekilde kullanılmasıdır. Var olan matematiksel modellerin, deney tasarımı aşamasında ve sonuçların anlamlandırılması aşamasında etkin bir biçimde kullanılması ile ilgili temel bilgilerin aktarılması ise dersin diğer bir önemli içeriğidir. Öğrencilere kazandırılacak olan çoklu bakış açısı ile ilaç tasarımı için gerekli olan unsurların vurgulanacaktır. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler; • Kanserde 'büyük veri' kavramını bilir ve bu kavramı etkin bir şekilde kullanır. 2) Matematiksel modellerin ve varsayımların kapsamını bilir 3) Kanserde yaygın olarak kullanılan biyoinformatik araçlarını etkin bir şekilde kullanabilir 4) Çevrimiçi biyoinformatik araçlarının arkasındaki algoritmada ustalaşır ve gerektiğinde kullanılan algoritmaları ve parametreleri hedefleyebilir 5) Yeni nesil dizilemeden sonra etkili varyant analizi gerçekleştirilmesi 6) Gen, protein ve miRNA etkileşim ağlarına hakimdir 7) Kanser sistemleri biyolojisinde kullanılan modeller ve araçlar hakkında bilgi sahibidir 8) Hedefe yönelik ilaç tasarımı yöntemlerinin tamamını bilir |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Kanser Biyoinformatiğine giriş ve temel konseptler | Sunumlar |
| 2) | Kanserde büyük veri nedir ve nasıl kullanılır? | Sunumlar |
| 3) | NCBI veri tabanları bankalarının kullanımı ve gerçekleştirilecek ileri analizler | Sunumlar |
| 4) | Yeni nesil dizileme yaklaşımı ile varyant analizi gerçekleştirilmesi | Sunumlar |
| 5) | Gen-Gen, Gen-miRNA ve Gen-Protein etkileşim ağları ve modelleri | Sunumlar |
| 6) | Somatik mutasyon tayinlerinde transkriptomiks ve genomiks verilerinin birleştirilmesi | Sunumlar |
| 7) | Kansere epigenomiks tabanlı yaklaşım | Sunumlar |
| 8) | Ara sınav tekrar haftası | |
| 9) | Kanser sinyal sistem biyolojisinde kullanılan matematiksel araçlar | Sunumlar |
| 10) | Kanser sistem biyolojisi ve ağ modelleme araçları | Sunumlar |
| 11) | Hedefe yönelik ilaç tasarım uygulamaları | Sunumlar |
| 12) | Tümör alt tip ve klonalite tayinin istatistiksel yöntemler ile gerçekleştirilmesi | Sunumlar |
| 13) | Proje sunumları | Öğrenci sunumları |
| 14) | Proje sunumları | Öğrenci sunumları |
| Ders Notları / Kitaplar: | • Cancer system biology, bioinformatics and medicine. Springer. (Editors: Alfredo Cesario • Frederick B. Marcus) • Cancer Bioinformatics . Springer Protocols (Editor: Alexander Krasnitz) |
| Diğer Kaynaklar: | • Cancer system biology, bioinformatics and medicine. Springer. (Editors: Alfredo Cesario • Frederick B. Marcus) • Cancer Bioinformatics . Springer Protocols (Editor: Alexander Krasnitz) |
| Course Learning Outcomes | 1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Program Kazanımları | ||||||||
| 1) Kanser Biyolojisi ve Farmakolojisinin temel kavramlarını tanımlayabilme, program kapsamında ilgili alan hakkında objektif olarak bilgi alabilme | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 2 |
| 2) Kanserin moleküler mekanizmaları hakkında bilgi sahibi olmak, karsinogenez sürecini moleküler düzeyde öğrenmek | 2 | 1 | 3 | 2 | 1 | 3 | 3 | 2 |
| 3) Farmakoloji ve kanser önleyici ilaç geliştirme, tarama ve ilgili moleküler/hücresel tekniklerin (sitotoksisite vb.) öğrenilmesi, kanser araştırmaları ve ilaç geliştirme ile ilgili lisansüstü düzenlemeler hakkında bilgi alınması, teknolojik destek sağlayan kurumlarla işbirliği ve deneyim paylaşımı | 3 | 3 | 2 | 1 | 2 | 3 | 3 | 3 |
| 4) Kanser biyolojisi ve ilaç geliştirme ile ilgili bilgileri sentezleme, analiz etme, yorumlama, sorgulama ve eleştirme becerisi | 3 | 3 | 3 | 1 | 1 | 2 | 3 | 3 |
| 5) İşlerinde iyi iletişim becerileri ve bilgisayar teknolojisini verimli kullanma becerisi | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | 3 |
| 6) Araştırma bulgularını ve sonuçlarını sözlü veya yazılı olarak aktarabilme/sunabilme | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 3 |
| 7) Birikmiş bilgi birikimini kullanarak bağımsız olarak mesleki ve akademik çalışmalar yürütebilme ve bu alanda çalışan diğer meslek grupları ile ekip üyesi olarak çalışabilme ve sorumluluk alabilme | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 8) Araştırmada etik sorumluluk bilincine sahip olmak | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Orta | 3 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Kanser Biyolojisi ve Farmakolojisinin temel kavramlarını tanımlayabilme, program kapsamında ilgili alan hakkında objektif olarak bilgi alabilme | 2 |
| 2) | Kanserin moleküler mekanizmaları hakkında bilgi sahibi olmak, karsinogenez sürecini moleküler düzeyde öğrenmek | 3 |
| 3) | Farmakoloji ve kanser önleyici ilaç geliştirme, tarama ve ilgili moleküler/hücresel tekniklerin (sitotoksisite vb.) öğrenilmesi, kanser araştırmaları ve ilaç geliştirme ile ilgili lisansüstü düzenlemeler hakkında bilgi alınması, teknolojik destek sağlayan kurumlarla işbirliği ve deneyim paylaşımı | 3 |
| 4) | Kanser biyolojisi ve ilaç geliştirme ile ilgili bilgileri sentezleme, analiz etme, yorumlama, sorgulama ve eleştirme becerisi | 2 |
| 5) | İşlerinde iyi iletişim becerileri ve bilgisayar teknolojisini verimli kullanma becerisi | 3 |
| 6) | Araştırma bulgularını ve sonuçlarını sözlü veya yazılı olarak aktarabilme/sunabilme | 2 |
| 7) | Birikmiş bilgi birikimini kullanarak bağımsız olarak mesleki ve akademik çalışmalar yürütebilme ve bu alanda çalışan diğer meslek grupları ile ekip üyesi olarak çalışabilme ve sorumluluk alabilme | 2 |
| 8) | Araştırmada etik sorumluluk bilincine sahip olmak | 1 |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ara Sınavlar | 1 | % 40 |
| Final | 1 | % 60 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 28 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 56 |
| Sunum / Seminer | 2 | 20 |
| Ödevler | 2 | 8 |
| Ara Sınavlar | 1 | 10 |
| Final | 1 | 14 |
| Toplam İş Yükü | 136 | |